พระนางมาเรีย ฟรานซิสกาได้อภิเษกสมรสกับเจ้าชายเปโดรอย่างสมพระทัย โดยที่ยังคงเป็นสตรีที่ทรงอำนาจสูงสุดในโปรตุเกส อีก 9 เดือนหลังอภิเษกสมรสพระนางมีพระประสูติกาลพระราชธิดาหนึ่งพระองค์ในปีพ.ศ. 2212 พระนามว่า เจ้าหญิงอิซาเบล ลุยซาแห่งเบย์รา แม้จะทรงเกษมสำราญแต่พระนางไม่เคยให้อภัยอดีตพระสวามี และทรงเพลิดเพลินกับการประจานอดีตพระสวามีตลอดเวลา พระนางมาเรีย ฟรานซิสกาทรงเขียนจดหมายไปถึงพระขนิษฐาว่า "หลังจากที่พระองค์ดื่มเหล้าจนเมาตามนิสัย ก็ล้มพระเศียรทิ่มอ่างน้ำ หากไม่มีใครมาพบและดึงพระองค์ขึ้นมาก็คงจมน้ำสวรรคตไปแล้ว ถึงจะอยู่เยี่ยงสัตว์เดรัจฉาน พระองค์ก็ยังรอดชีวิตอยู่ได้ เพียงแค่นั้นก็เป็นเหตุผลมากพอที่จะทำให้เราวิตกกังวล และเสี่ยงต่อการถูกศัตรูมุ่งร้าย"[2] ชาวโปรตุเกสหลายคนรู้สึกกังวลไม่ต่างจากพระราชินีมากนัก พวกเขากลัวว่าพระเจ้าอัลฟองโซจะเสด็จหนีออกจากที่คุมขัง และรวบรวมอดีตขุนนางที่จงรักภักดีต่อพระองค์จากนั้นชำระโทษผู้ที่ปลดพระองค์ออกจากบัลลังก์และนำประเทศสู่ความหายนะ

เจ้าชายเปโดรทรงให้พระเชษฐาเสวยสุราอย่างหนัก ดัวยหวังว่าพระเชษฐาจะสวรรคตจากการดื่มสุรา อย่างไรก็ดี วันหนึ่งพระเจ้าอัลฟองโซได้ปฏิญาณว่าจะไม่ทรงแตะต้องเครื่องดื่มมึนเมาอีก สร้างความขุ่นเคืองแก่คณะรัฐบาลมาก เอกอัครราชทูตแห่งซาวอยเขียนเล่าว่า ผู้ตวบคุมพระเจ้าอัลฟองโซที่นับถือคริสต์นิกายเยซูอิต พูดถึงการฟื้นฟูสุขภาพของพระเจ้าอัลฟองโซว่า "เป็นเรื่องน่าเศร้าอย่างเห็นได้ชัด"[3]

ทว่าสุดท้ายพระเจ้าอัลฟองโซกลับสวรรคตด้วยพระกระยาหารมิใช่สุรา พระองค์มีพระวรกายใหญ่มากขึ้น พระองค์แทบจะเสด็จออกจากพระแท่นไม่ไหว จากรายงานบางฉบับบอกว่า การเสด็จดำเนินกลายเป็นเรื่องทุกข์ทรมาน หลังจากทรงถูกจองจำเป็นเวลา 15 ปี พระองค์ก็สิ้นพระชนม์เดือนกันยายน ปีพ.ศ. 2226 เนื่องจากเส้นพระโลหิตในสมองแตก ขณะมีพระชนมายุ 40 พรรษา

เจ้าชายเปโดรจึงได้ครองราชย์เป็น สมเด็จพระเจ้าเปโดรที่ 2 แห่งโปรตุเกส และทรงสถาปนาเจ้าหญิงมาเรีย ฟรานซิสกาเป็นสมเด็จพระราชินี เนื่องจากพระนางทรงมีแต่พระราชธิดาทำให้พระเจาเปโดรทรงเกรงว่าราชวงศ์บราแกนซาจะสูญสิ้น เพราะพระองค์ทรงต้องการรัชทายาทที่เป็นชาย หลังจากที่พระเจ้าอัลฟองโซเสด็จสวรรคตเพียง 4 เดือน พระนางมาเรีย ฟรานซิสกาก็เสด็จสวรรคตในวันที่ 27 ธันวาคม พ.ศ. 2226 มีพระชนมายุเพียง 37 พรรษาเท่านั้น พระเจ้าเปโดรที่ 2 ได้อภิเษกสมรสใหม่กับ เจ้าหญิงมาเรีย โซเฟียแห่งพาลาทิเนต-เนาบูร์ก และมีพระราชโอรสสืบราชวงศ์ต่อไป ส่วนเจ้าหญิงอิซาเบล ลุยซาพระธิดาเพียงพระองค์เดียวของพระนางมาเรีย ฟรานซิสกาก็สิ้นพระชนม์ด้วยพระชนมายุเพียง 21 พรรษา

พระบรมศพของพระนางเดิมได้ถูกฝังที่ คอนแวนต์แห่งฟรานซ์ชินฮาส และต่อมาในปีพ.ศ. 2455 ได้ถูกย้ายไปฝังร่วมกับพระราชวงศ์บราแกนซาที่มหาวิหารเซา วิเซนเต เดอ ฟอรา